لقد تم ترسيخ برامج الدراسات العليا في كلية الهندسة منذ منتصف فترة التسعينيات حيث تعد كلية الهندسة من أوائل الكليات التي طرحت عدد من برامج الدراسات العليا. تقدم الكلية حاليًا و بعد قرابة 35 عام من تأسيس جامعة البحرين ما يصل إلى (14) برنامجًا للدراسات العليا لمرحلة الماجستير و الدكتوراه بما في ذلك ما يلي:
ماجستير في الهندسة الكيميائية ، ماجستير في الهندسة المدنية ، ماجستير في الهندسة الميكانيكية، ماجستير في الإدارة الهندسية ، ماجستير في الهندسة الكهربائية ، ماجستير في هندسة الطاقة المتجددة ، ماجستير في أنظمة الذكاء الاصطناعي ، ماجستير في الهندسة المعمارية، ماجستير في الاتصالات والشبكات ، دكتوراه في الهندسة الكيميائية، دكتوراه في الهندسة المدنية ، دكتوراه في الهندسة الميكانيكية ، دكتوراه في الإدارة الهندسية ، ودكتوراه في الهندسة الكهربائية.
لقد بلغ عدد طلبة الدراسات العليا منذ بداية انطلاق برامج الدراسات العليا في الكلية عما يزيد على 270 طالب وطالبة لمرحلة الماجستير، وعما يزيد على 35 طالب وطالبة لمرحلة الدكتوراه. لقد أنتجت هذه الأفواج الملتحقة ببرامج الدراسات العليا بحوث ودراسات متميزة، وساهمت في إيجاد حلول ووضعت أطر بحثية للتفاعل مع متطلبات المجتمع البحريني والمنطقة الإقليمية. أما المشاركة في الندوات العلمية والمؤتمرات واللقاءات التقنية فتعتبر مهما لتفعيل زخم الإنتاج العلمي، حيث بلغت أعداد الفعاليات العلمية والتي أسهم فيها طلبة الدراسات العليا لكلية الهندسة ما لا يقل عن 20 فعالية علمية (تشمل الندوات العليمة والمؤتمرات واللقاءات العلمية) منذ عام 1994. وقد بلغت نسبة المشاركة في النشر العلمي لطلبة الدراسات العليا ما لا يقل عن 35 % بالنسبة لمجموع النشر في جامعة البحرين. وتفخر الكلية بازدياد متوسط عدد طلبات تشكيل لجان المناقشة حيث وصل الى 18 طلبا سنويا. ولقد أولت كلية الهندسة اهتماما كبيرا لزيادة تفاعل طلبة الدارسات العليا مع آخر المستجدات العلمية، حيث بلغ عدد اللقاءات الموجة لطلبة الدراسات العليا عما يزيد على 12 لقاء سنويا.
لقد كانت لرؤية البحرين 2030 المكانة المهمة في التحديث المستمر لبرامج الدارسات العليا لكلية الهندسة، حيث سوف تشهد الفترة القادمة أيضا طرح عدد من البرامج الجديدة والتي يحتاجها سوق العمل في البحرين والمنطقة الإقليمية. يوجد حاليًا حوالي 130 طالبًا من طلاب الدراسات العليا مسجلين في جميع برامج الدراسات العليا في كلية الهندسة، بمعدل تخرج سنوي يبلغ 20 طالبًا من بين جميع برامج الكلية. بالإضافة إلى ذلك، يتم توجيه المزيد من الجاذبية نحو المزيد من المواصفات المتعلقة بالحوسبة الهندسية، وتحليل البيانات الكبيرة والهندسة واستخدام الأدوات الحديثة لبحث وتحليل الدراسات العميقة.
